2002年9月11日，本中心经浙江省司法厅批准成立（浙司[2002]278号文件）。

2006年3月25日，本中心法定代表人由“瞿佳”变更为“陈肖鸣”。

2008年5月9日，浙江省司法厅授权本中心为浙江省司法鉴定人继续教育培训基地，吴军副厅长参加授牌仪式，并于同日举办了浙江省第一期法医临床、法医病理继续教育培训班。

2009年5月，本中心列入全国法医临床司法鉴定人转岗培训教育培训机构推荐名单。

2009年10月，本中心被司法部评为“全国司法鉴定工作先进集体”。

2009年9月8日，中心副主任徐力辛同志获得司法部组织的“法律服务和法律援助工作为构建社会主义和谐社会服务”主题实践活动先进个人。

2010年11月24日，中心主任陈肖鸣在浙江省司法行政系统第二届十大最具影响力人物和百名优秀人物评选活动中，被评为优秀司法鉴定工作者。

2011年11月10日，本中心顺利通过中国合格评定国家认可委员会实验室、检查机构认可，成为浙江省第一家通过国家级认证认可的司法鉴定机构。

2012年9月22-23日，本中心顺利通过中国合格评定国家认可委员会（CNAS）评审专家组的现场监督评审。

2013年8月28日，本中心机构名称由“温州医学院司法鉴定中心”正式更名为“温州医科大学司法鉴定中心”。

2013年10月12日，“温州医科大学司法鉴定科学技术研究所”正式挂牌，为全国高校首家司法鉴定科学技术研究所。

2013年10月26日，温州市司法鉴定协会成立，本中心副主任廖毅担任副会长，徐力辛、徐彩裙2名同志担任理事。

2013年12月31日，浙江省司法鉴定协会成立，中心主任陈肖鸣当选首任会长。专业委员会主任委员1名，副主任委员5名，委员8名。

2014年4月14日，本中心与司法部司法鉴定科学技术研究所签署全面合作交流协议书，包括联合培养法医学硕士研究生。

2014年7月18-20日，CNAS评审组专家对我中心进行实验室认可/司法鉴定机构资质认定复评审，并顺利通过复评审。

2014年8月15日至8月17日我中心主任陈肖鸣荣膺“2014年中国优秀院长”。

2014年12月我中心办公室主任徐彩裙同志，荣获浙江省司法行政系统“百名优秀人物”荣誉称号。

2014年12月，本中心法医临床鉴定意见书在首届“宋慈杯” 优秀司法鉴定文书评选中荣获三等奖；这是浙江省唯一获三等奖的文书。

2015年8月29日，本中心男子性功能实验室成立，并正式对外开放。

2016年6月28日，中心新装修的450平方米办公场所正式投入使用。

2016年6月底，接待了有公安部主办，上海市公安局、浙江省公安厅及温州医科大学协办的“吉尔吉斯斯坦内务部警务决策与管理研修班”学员，为我省开创了国际司法合作与交流、联合培训国际司法鉴定人才先河。

2016年8月26日-28日，温州市首届法医临床继续教育培训班暨法医临床技能比赛顺利召开。

2016年11月，陈肖鸣主任获得“温州市十大法治人物”称号。

2016年12月28日，中心法医病理鉴定文书在第二届“宋慈杯”优秀司法鉴定文书评选活动中荣获“优秀奖”

2017年7月，通过CNAS实验室认可/检验检测机构资质认定现场复评审。 

2017年11月，获批中国-上海合作组织国际司法交流合作培训基地浙江（温州）研修中心。

2018年11月，第三届宋慈杯优秀司法鉴定文书二等奖、三等奖（省内第一、历史首次）。

2019年4月，入选司法部公民非正常死亡法医鉴定机构（全国28家，省内唯一）。

2019年12月，获全国公共法律服务工作先进集体（司法部）。

2021年5月，成为中国法医学会第六届理事会理事单位。

2023年11月，获浙江省服务业行业领跑企业。

2023年12月，获全国公共法律服务工作先进集体（司法部）。